В конце 1939 г. Глубокое вошло в состав БССР. С 1940 года Глубокое получило статус города.Во время Великой Отечественной войны с июня 1941 г. до 03.07.1944 г. оккупировано немецко-фашистскими захватчиками, которые разрушили город, погубили более 10 тысяч человек. На территории бывшего Базилианского монастыря гитлеровцы организовали лагерь смерти. Во время оккупации на территории района действовали Глубокский (16.11.1943 г.-03.07.1944 г.) и Плисский (29.08.1943 г.-02.07.1944 г.) подпольные райкомы КП(б)Б и ЛКСМБ, соответственно (13.11.1943 г.-03.07.1944 г. и 15.12.1942 г.-02.07.1944 г.). С 1944 г. Глубокое районный центр Полоцкой, с 1954 г. — Молодечненской, с 1960 г. — Витебской областей.